Od samego początku przybycia salwatorianów do Elbląga, ks. proboszcz Tadeusz Sołtys SDS prowadził rozmowy i prace związane z przygotowaniem projektu nowego kościoła, który w początkowej fazie został przygotowany przez proboszcza parafii św. Wojciecha ks. Karola Święckiego.
Z początkiem sierpnia 1984 roku rozpoczęto budowę kaplicy drewnianej, która według planów miała służyć, jako miejsce modlitwy, a także katechizacji na okres około 5 lat. Budowa kaplicy trwała 3 tygodni.
W 1985 roku zostały zatwierdzone plany koncepcyjne nowego kościoła autorstwa p. Anny Barszczyńskiej.
W 1986 roku rozpoczęto prace przygotowujące teren, na którym miał stanąć kościół.
W 1987 roku, 23 stycznia uzyskano pozwolenie na budowę kościoła wraz z zatwierdzonymi planami budowy.
Do roku 2008 budowa kościoła przeżywała swoje wzloty i upadki, był czas wielkiej aktywności i szybkich postępów, ale i czas, kiedy praktycznie się ona zatrzymała. Powodów z pewnością było wiele, a jednym z nich był także podział parafii – wyodrębnienie parafii św. Rafała Kalinowskiego i parafii św. Józefa. Pierwotne zamierzenia dotyczące wielkości bryły kościoła okazały się nie do zrealizowania.
W 2009 roku podjęto decyzje o przeprojektowaniu kościoła. Pierwotny projekt autorstwa p. Anny Baszczyńskiej został zastąpiony projektem p. Piotra Pałdyny.
W roku 2010 w wyniku konkursu wyłoniono firmę Mytych, której powierzono budowę kościoła. Inspektorem budowy został p. Marek Pyszkowski. Przystąpiono niezwłocznie do prac budowlanych, realizując nowy projekt.
Momentem przełomowym był rok 2012, w którym udało się obiekt zadaszyć. Dzięki zaangażowaniu ks. Prowincjała Salwatorianów Piotra Filasa SDS i Jego Rady pozyskano środki finansowe ze wspólnoty Merrillville na zakup drewna klejonego i montaż pokrycia dachowego. W tym samym roku zostały zamontowane aluminiowe okna i drzwi w kościele górnym, a 24 grudnia 2012 roku została odprawiona pierwsza Mszę św. Pasterka.
W roku 2013 zamontowano okna i drzwi w dolnym kościele. Wybudowano schody na taras, wyłożono taras płytkami kamiennymi, a schody wyłożono granitem. Zamontowane zostały rynny na dachu kościoła i rozpoczęto budowę bocznych galerii. Zainstalowano również nowe tabernakulum w kształcie chleba, a także zamontowano 15 metrowy krzyż, jako wotum parafian i dobrodziejów parafii z okazji jubileuszu 30-lecia powstania parafii.
W ostatnim dniu oktawy Bożego Ciała -13 czerwca 2013 roku, w czasie uroczystej procesji został przeniesiony Najświętszy Sakrament ze Starej Kaplicy do Nowego Kościoła. Od tego dnia całe życie liturgiczne parafii skupia się wokół nowej świątyni. Stara kaplica ze względu na zły stan techniczny została rozebrana.
W roku 2014 zamontowano dwa pozostałe krzyże na dachu kościoła o wysokości 10 m każdy, uruchomiono wejście boczne do kościoła – galerie północną, oraz ocieplono dach.
W roku 2015 podjęto parce związane z elewacją kościoła oraz montaż instalacji elektrycznych. W tym roku planujemy jeszcze położenie tynków wewnątrz kościoła oraz prace wokół kościoła związane z przygotowaniem parkingów kościelnych i chodników.
W roku 2016 zamontowano ogrzewanie podłogowe w kościele, które zasilane jest przez EPEC. W roku 2017 został utwardzony teren wokół kościoła i położona kostka pol bruk oraz krawężniki. Tym samym zostało wytyczonych 90 miejsc parkingowych przy kościele, wyjazdy z placu i wejścia do kościoła. Zostały również posadzone drzewa i krzewy ozdobne na placu kościelnym.